Pod německou nadvládou se nežilo dobře, kluby byly opět amatérské, jakýkoliv profesionalismus soutěže byl zakázán, včetně podpory amatérských klubů výrobními podniky. Tak musela skončit i podpora Zbrojovky. Na krátký čas se fotbalové zápasy stávají místem setkání vlastenců a jako na jediném veřejném místě si zde diváci mohou zakřičet, dát průchod svým emocím a vyjádřit se i k politické situaci. To až do doby, kdy nacisté začínají záměrně posílat do řad diváků donašeče.
V sezoně 1940–41 bojuje oslabený tým o udržení v lize a díky příchodu vyhlášeného střelce Čestmíra Vycpálka se to i podaří. Ročník 1942–43 skončili brněnští na 8. příčce. Následně v ročníku 1941–42 byli čtvrtí a v sezoně 1942–43 opět osmí. Při příchodu válečné fronty do Brna a náletům došlo k poškození stadionu Na Rybníčku, klubového sekretariátu a s tím i cenných trofejí a dokumentů. V průběhu války nebo těsně po ní padli v boji či jinak zemřeli členové předválečné židenické sestavy Oldřich Novohradský, František Novák (letec RAF) a Jan Gajdoš, brankář a mistr světa v gymnastice.
Sezona 1946–1947 byla tak trochu zvláštní. Zpočátku to vypadalo, že se Žideničtí postaví do čela tabulky a budou jedni z adeptů na titul. V druhé části sezony se ale karta obrátila. Jak už bylo řečeno, začátek sezony byl výborný. Ač v prvním zápase tým podlehl Spartě na vlastním hřišti 1:2, podle většiny přihlížejících byla porážka spíše nešťastná. Židenická jedenáctka byla s přehledem lepší, jediné, co jí scházelo, bylo proměňování šancí. Jediný gól domácích tak vstřelil vynikající Rulc. Týden nato Žilina odjíždí se sedmibrankovým nášupem. Týmu se ale přitíží v 5. kole, kdy prohraje v Bratislavě 0:4, a o další týden později podlehle Viktorii Žižkov 0:3.
Neproměňovaní vyložených šanci a neutěšené výsledky vedou k odvolání trenéra Eremiáše a zrušení připravovaného zájezdu na Britské ostrovy. To vzbudí v hráčích pocit křivdy a rozhodnou se pro stávku a podporu odvolaného trenéra. Několika hráčům jsou uděleny tresty a v Olomouci, v 9. kole, nastupuje tým složený z poloviny z hráčů dorostu a rezervy. Prohra 3:4 dostává tým na předposlední místo tabulky. Konec sezony je poznamenán dohady o úplatcích několika klubů první ligy, mezi které bylo zařazeno i Brno. Následkem byla korekce počtu klubů první ligy v následující sezoně a všechny týmy, o které se byť i nepatrně otřela aféra úplatků, byly přeřazeny do druhé ligy.
Rok 1948 byl i ve fotbale rokem zvláštním. Změn bylo požehnaně a nad hodně věcmi zůstával rozum stát. Žideničtí se po roce opět vrátili do první ligy, a to s nikoli poslední změnou jména na ZK Židenice. Klub byl posléze přejmenován na Sokol a po únorových událostech na Zbrojovku. Stěhování pod křídla státních podniků je jen vyústěním všech událostí. Židenický klub je jedním z prvních, a to i proto, že spolupráce se Zbrojovkou fungovala i v předchozích letech. Další zvláštností je fakt, že se odehraje jen podzimní část ligy, ta je následně ukončena a dle pravidel našich tehdejších sovětských přátel se začíná na jaře liga nová, která se hraje dle sovětského kalendářního roku. Tato sezona nebyla pro Židenické úspěšná, skončila sestupem do druhé ligy.
V roce 1950 se opět stalo něco, co jen těžko někdo mohl pochopit. Byly zrušeny jak druha liga, tak i divize a na nejvyšší soutěž v následující sezoně navázaly krajské přebory. Význam těchto opatření byl jediný – zbavit se týmů, které měly někdy v minulosti profesionální minulost. V té době se Zbrojovka spojila se Sokolem Brno a vzhledem k velkému množství oddílů zastupujících různé oblasti Brna se změnil i název fotbalového klubu ve prospěch celého Brna. Rok 1952 je ve znamení vítězství v krajském přeboru. To by samo o sobě mělo znamenat postup do obnovené 2. ligy. Ovšem tato doba je dobou zvláštností, a tak na nátlak ministerstva vnitra postupuje Rudá Hvězda. Do roku 1955, kdy klub hraje obnovenou divizi, stihne komunistický režim změnit jméno na Spartak Brno Závody Jana Švermy, patrně z obav, aby tehdejší nepřátelské země nevěděly, kde se v naší zemi vyrábějí zbraně.